1951年6月11日，中央军委向华东军区，第三、第一野战军和中南、西南、东北军区发出了《电告成立军事医学科学院》的指示。8月1日，应陈毅市长邀请，华东军区卫生部部长宫乃泉作为首任院长来到上海，中国人民解放军军事医学科学院（以下简称军事医学科学院）在巴斯德研究院和法租界卫生所旧址成立，是继中国科学院之后，新中国成立的第二家科学院、世界第三家军事医学高级科研机构由此宣告诞生。创建之初，军事医学科学院设置了生理、生化、药物、化学、细菌、寄生虫6个系。 [4]
1954年3月，学科系增至14个。
1955年12月12日，考虑到国防建设的战略意义和中国原子武器、生物武器、化学武器医学防护研究的现实需求，总后勤部部长黄克诚大将给周恩来总理写信提出建议并获准，于1958年5月将科学院从黄浦江畔北迁燕山脚下，从师级单位升为军级单位，原有的14个系整合改编为7个研究所。
1961年11月，中央军委办公会议决定，军事医学科学院执行兵团级权限。
中国人民解放军军事医学科学院
中国人民解放军军事医学科学院
1970年，军委决定军事医学科学院执行正军级权限至今。
2001年，被国家有关部门评为“863”研究先进单位。 [5]
2003年8月10月，“解放军疾控中心”在军事医学科学院正式成立。 [4]
2004年，被国家批准纳入公共卫生体系。 [4]
2005年初，军事医学科学院研究员李松带领科研人员成功研制出抗人禽流感特效药“军科奥韦”（达菲），并建成专用生产线，标志着中国具备自主保障和防控能力。 [4]
2005年8月，军事医学科学院确立了建设“三大力量”的职能定位：军事斗争卫勤准备科技攻关的核心力量；反恐和处置突发公共卫生事件的突击力量；军队疾病预防控制的主要力量，并逐步纳入国家相关体系。 [4]
2009年5月11日，中国第一例输入型甲流患者，由军事医学科学院和国家疾控中心共同确诊。9月底，军事医学科学院作为唯一指定单位，完成国家1300万人份甲型H1N1流感防治药物的储备任务。 [4]
2010年，中国军事医学科学院复方蒿甲醚研究团队获美国“盖伦奖”。
2011年9月，在瑞士日内瓦，军事医学科学院研究员贺福初院士获得国际组织颁发的“杰出贡献奖”。
科研条件编辑
人员编制
根据2016年3月信息显示，军事医学科学院有“新世纪百千万人才工程”国家级人选10人，国家有突出贡献的中青年专家8人，政府特殊津贴享受者49人，博士研究生指导教师228名，硕士研究生指导教师490名；有中国科学院院士4人、中国工程院院士7人。 [2]
中国科学院院士：张学敏、贺福初、吴祖泽、孙曼霁 [6-7]
中国工程院院士：沈倍奋、金宁一、李松、夏咸柱、秦伯益、沈建忠、吴德昌 [8-9]
科研部门
截至2011年8月，军事医学科学院有各类重点实验室21个，研究中心9个，科技平台1个；有国家重点实验室3个，国家工程实验室1个，国家工程研究中心4个，解放军重点实验室10个，天津市工程中心1个，天津市重点实验室1个。 [1]
国家重点实验室：病原微生物生物安全国家重点实验室、蛋白质组学国家重点实验室、国家生物医学分析中心免疫学研究室 [10-11]
国家工程实验室：哺乳动物细胞高效表达国家工程实验室 [10-11]
国家工程研究中心：国家生物防护装备工程中心、国家应急药物工程技术研究中心、国家生物防护装备工程技术研究中心、蛋白质药物国家工程研究中心 [11]
解放军重点实验室：解放军军事环境医学重点实验室、解放军卫生装备技术重点实验室、解放军生物防御重点实验室、解放军重要疾病防控模式生物重点实验室、解放军生物武器损伤防治药物重点实验室、解放军血液安全与保障重点实验室、解放军干细胞与再生医学重点实验室、解放军核化损伤救治重点实验室、解放军再生医学与干细胞研究重点实验室、解放军血液安全与保障重点实验室 [11]
天津市工程中心：天津市卫生学环境医学技术工程中心 [11]
天津市重点实验室：天津市环境与食品安全风险监控技术重点实验室 [1